Хотя политика России была направлена на ассимиляцию местного населения,[71] отмечаются следующие эпизоды, характеризуемые некоторыми авторами как геноцид:[72]

якутов в бассейне реки Лены в 1640-x годах,[73] по некоторым утверждениям за сорок лет популяция якутов в бассейне Лены сократилась на 70 %, отмечается жестокость Петра Головина, первого якутского воеводы, по отношению к местному населению при невыплате ясака[74]
дауров по берегам Амура, в 1645 году под руководством Пояркова, а в 1650 году под руководством Хабарова[75]
Местное население Камчатки за полвека завоевания региона казаками сократилось в численности на 60 %, с 20 до 8 тысяч,[75] действия казаков по отношению к коренным народам Камчатки некоторыми авторами характеризуются как геноцид,[76][77][78] Николай Ядринцев утверждал, что с середины XVIII века до середины XIX века, численность ительменов сократилась на 90 %, манси на 50 %, и ещё дюжина этносов прекратила своё существование,[79] отмечаются следующие эпизоды:[80]

ительмены пострадали в результате подавления восстаний в 1706, 1731, и 1741 годах[80]
чукчи в 1729, 1730-31 (Афанасий Шестаков[81] и Дмитрий Павлуцкий[82]:145-146) и 1744-47 годах[80] В 1734 году казаки распространили оспу на чукотскую территорию, эпидемия продолжалась два года.[81]
коряки, находившиеся в 1745-56 годах в состоянии восстания[83] массово истреблялись.[80] К середине XVIII века коряки стали зависимы от алкоголя, табака, инструментов и оружия, которое получали от русских торговцев, попытки противостоять России ослабили их, чем воспользовались чукчи, атаковавшие их с севера; к концу XVIII века в результате этих атак и эпидемий погибло около 50 % коряков. Только несколько тысяч коряков пережило первый век под владением России.[84]
Первые два десятилетия колонизации Алеутских островов характеризовались актами жестокости, геноцида и захвата в заложники алеутов, пока Екатерина II не дала указания о сворачивании подобной практики.[82]:151

Искоренение местного населения во время покорения Сибири и Дальнего востока не носило целенаправленный характер,[85] имело экономические причины (сбор ясака для торговли пушниной)[79] и зачастую обосновывалось защитой подвластных России местных племён. Подчинившиеся России племена помогали воевать против более непокорных: ханты против манси, юкагиры против коряков. Некоторые народы (шорцы, телеуты, хакасы, барабинские татары) платили одновременно и русским и джунгарам. Казаками применялись как дипломатические методы, так и взятие заложников и террор.[70] Сергей Бахрушин описывал красноярских служилых людей как буйных, своевольных, жестоких и падких до наживы.[70]

Большой ущерб местному населению нанесли болезни, эпидемии были страшным бедствием для жителей Сибири. Историк Скобелев С. Г. пишет что в 1610 году эпидемия оспы поразила нарымских хантов, а в 1630—1631 годах от неё пострадали ненцы и энцы, по отдельным районам погибло до 2/3 населения; в 1630—1632, 1664 гг. эпидемии наблюдались вдоль притоков Оби — рек Томь и Чулым, особенно сильные в Мелесской инородной волости.[86] Историк Джон Ф. Ричардс[en] пишет что оспа попала в западную Сибирь в 1630 году, в 1650-е двинулась к востоку от Енисея, где сократила популяции тунгусов и якутов на 80 %, а в 1690 на 44 % уменьшила популяцию юкагиров; во время эпидемии оспа унесла около половины коренного населения. Также он пишет, что в связи с тем что русские вступали в половые сношения с женщинами из коренного населения, распространившееся среди них заболевание местные назвали «русская болезнь»[87].

Также как акты геноцида могут характеризовать:

нападения маньчжуров на алтайцев в середине XVIII века.[88]
репрессии бурят по обвинениям в панмонголизме в 1920 году[89][неавторитетный источник]
проект нового Лесного кодекса РФ[90]
Вместе с представителями коренных народов исчезают и их родные языки — за последние 150 лет на территории России исчезло 14 языков аборигенов.[91] Проблемой является алкоголизм среди малых народов Сибири и Дальнего Востока[92] (ханты, манси,[93] кеты[94] и другие)